日本歷史上封建軍事貴族專政的一種獨特政體，亦稱“幕府政治”，自十二世紀末到明治維新前夕，前后延續近七百年。八世紀，班田制的普遍實行，在一定時期內，促進了社會經濟的發展。但是，班田農民身受租庸調重擔，又受貴族官僚的敲榨勒索，生活十分艱難。八世紀中葉，政府為了增加耕地而鼓勵開荒。豪族、官僚、寺院憑借權勢，役使奴隸和失地農民大量開荒，同時利用各種手段兼并農民的口分田，不斷擴大封建地產。八世紀末期，私有地不斷發展，封建地產成為貴族們的私產，他們以此建立莊園。這種形式逐漸成為占統治地位的經濟結構，是封建主剝削農民的基本組織單位。大封建主擁有很多莊園，委派代理人莊官進行管理。十一世紀，許多有勢力的豪族和寺院的莊園取得了“不輸”、“不入”，即不向國家交納租稅和不準政府官員進入莊園干預其內部事務的權利，莊園成為國中之國。許多地方豪族為逃避國家的稅收，往往把自己的莊園獻給中央貴族，自己則變成莊官，實際上仍掌有原來的土地。莊園所依附的上級，稱為“領家”。這樣形成了莊園等級系統。各級領主及地方行政長官“國司”恣意侵占公田，有的農民被迫把土地奉獻給貴族和寺院。于是，私田日增，公田日削，到九世紀末十世紀初，班田完全停止。封建領主莊園占了絕對優勢，地方豪強勢力日益發展強大，天皇權力日益削弱。九世紀中葉以后二百年間，大貴族藤原氏擅權，獨攬朝政，視天皇為傀儡。其間政治腐敗，社會不安，“盜賊”橫行，貴族為爭占土地互相火并，甚至反叛朝廷的事也不斷發生。地方豪強為保衛自己的莊園，擴大勢力，都把自己的家族和仆從武裝起來，組成一種以血緣與主從相結合的軍事集團，它的成員稱為“武士”。主人有責任豢養和保護武士，武士則必須向主人效忠，隨從出征。往后，武士間通過聯合兼并，形成了一些大小不等的封建軍事貴族。

十二世紀，關西平氏和關東源氏領導著兩個最大的武士集團，互相爭奪中央政權。十二世紀八十年代源氏擊敗并消滅了平氏。1192年，源氏的首腦源賴朝取得“征夷大將軍”的稱號，并在鐮倉設立幕府。日本自鐮倉幕府時期(1192－1333年)開始了武家政治。日本古代大將軍出征常以營幕為發號施令的所在地，因而習稱將軍的府署為“幕府”。幕府往往以所在地和將軍的姓氏得名。從鐮倉(源氏)幕府到室町(足利)幕府、江戶(德川)幕府，歷時七百六十五年。日本天皇雖保存著，但無實權，名義上將軍由天皇任命，實際上天皇卻在將軍的控制之下，將軍是全國的最高統治者。鐮倉幕府在中央設置官吏，統管全國政治、軍事和司法大權。同時，在地方上，向各國(省)派“守護”，管理軍政事務，向各莊園派“地頭”，負責警衛莊園、收取年貢。這些守護、地頭逐漸取代了國司和莊官的職權，并將原來的國家土地以及貴族莊園攫為己有。所以，將軍是全國最大的封建主，他屬下的武士都成為占有不同數量土地的大小封建主，幕府的統治基礎就是武士封建主階級。然而鐮倉幕府并不是日本統一的中央集權政府，不但殘存著舊的宮廷貴族勢力，而且地方大封建主和寺院仍然保持著一定的獨立性。十三世紀下半期，日本接連受到元朝的兩次進攻。農民和武士是取得反侵略勝利的主力，可是幕府卻把戰爭費用轉嫁到下面，加速了農村的荒蕪和下層武士的沒落，幕府的經濟和支持力量日益薄弱。后醍醐天皇企圖復辟天皇政權，他于1333年糾集不滿幕府的武士貴族，一舉推翻了鐮倉幕府。但是，政權又落到實力強大的武士足利尊氏手中。1336年，足利尊氏攻入京都，自任征夷大將軍，在京都設立幕府，足利氏的第三代將軍把幕府設在京都的室町街，史稱室町幕府(1336－1573年)。被廢黜的后醍醐天皇逃到京都以南的吉野另立朝廷，與北方的京都朝廷對抗，南北對立局面維持了六十年，史稱“南北朝時期”。直到十四世紀末期，室町幕府合并了南朝。室町幕府是大軍事封建主的聯合政權。政權本身包含著分裂的因素。幕府派往各國(省)的守護，權力逐漸擴大。在南北朝內戰時期，他們利用自己的權力，極力擴張勢力，形成割據一方的大封建主(守護大名)，將軍的權力基本上只限于自己的直轄領地。十五世紀中葉以后，室町幕府完全失去了控制各地領主的力量，守護大名之間為爭權奪勢不斷進行混戰，直到室町幕府滅亡，日本歷史上稱為“戰國時期”(1467－1573年)。在混戰中，守護大名力量消耗殆盡，完全衰落下去。而一些新興的封建大領主，即戰國大名代之而起。

1573年，尾張國大名織田信長，在打敗了三十六國(省)大封建主之后，推翻了室町幕府的統治，開始了日本的統一事業。1582年，他遭部下襲擊而死。部將豐臣秀吉繼續進行統一大業，他采取了一系列加強中央集權的統治措施以后，發動了侵略朝鮮的戰爭，但遭到慘敗，于1598年死去。織田信長的另一部將德川家康繼續執政。德川家康以江戶為根據地，于1603年設幕府，開始了德川幕府的統治(1603－1868年)。德川幕府把天皇完全排除在政治之外，并采取一系列措施，以建立空前高度集中的中央集權統治。幕府將軍把全國土地的四分之一作為直轄領地，并把持江戶、京都等重要城市和礦山。將全國其他土地分賜給大名，大名的領地稱為“藩”，大名效忠將軍，負擔軍役和其他義務，在領地內享有全權統治地位。這樣在中央政權的幕府之下存在地方政權藩國的體制，被稱為“幕藩政治”。幕府制定“武家諸法度”，以統制大名和京都朝廷貴族。對大名依親疏不同區別對待，按領地質量的優劣進行分贈，使其領地與將軍領地交錯分布，以便牽制，并對大名的建立城堡、通婚以及相互交往都作了嚴格的規定。建立森嚴的等級制度，加強對人民的統治，把全國居民分為士(武士)、農、工、商四級，身分世襲，互不通婚。武士居四民之首，修文習武，享有佩刀稱姓的特權。農民是主要生產者，要負擔五公五民的年貢和雜稅。不論農工商戶都得納入“五人組”制度，一戶犯罪，全組同罰。此外，提倡三綱五常、忠孝節義等儒家思想，以作為封建等級制度的理論根據。德川幕府初期，為了增加財政收入，支持對外貿易，領有朱印狀的船只，來往于中國、朝鮮和東南亞一帶，進行廣泛的貿易，并且與西班牙、葡萄牙等國進行商業交往。與此同時，西方的天主教和槍炮等火器傳入日本。天主教在日本迅速傳布，危及幕府統治，遂于1613年下令禁教，并開始對天主教徒進行殘酷迫害。1639年，德川幕府頒布“鎖國令”，禁止日本人與西方商人貿易，只許中國與荷蘭的商船在長崎通商，日本的對外貿易從此衰落。