淝水之戰(zhàn)以后，東晉的外部威脅解除了，其內(nèi)部的社會(huì)矛盾則日趨尖銳。謝安權(quán)重招忌，被迫出鎮(zhèn)廣陵(今江蘇揚(yáng)州)，中央由宗室司馬道子輔政。隆安元年(397)后，南兗、荊、廣、雍諸州刺史相繼起兵反對(duì)道子專權(quán)，不久，荊州刺史桓玄吞并了其他同伙，控制了長(zhǎng)江中、上游廣大地區(qū)，北府新軍閥劉牢之控制了長(zhǎng)江下游的江北地區(qū)，朝廷管得住的不過蘇南、浙東的八個(gè)郡，它們幾乎承擔(dān)東晉政府的全部賦役。而且，以王、謝二姓為首的中原士族南渡時(shí)為避免與江南士族發(fā)生過于強(qiáng)烈的沖突，也正是擁向浙東一帶經(jīng)營(yíng)田莊別墅，土地關(guān)系格外緊張，階級(jí)矛盾迅速激化。道子死，子元顯擅權(quán)，為加強(qiáng)抗衡桓玄、劉牢之的軍力，于隆安三年(399)強(qiáng)制征調(diào)東南八郡“免奴為客”者當(dāng)兵，成為東晉末農(nóng)民大起義的導(dǎo)火線。起義歷時(shí)十二年，可分兩個(gè)階段。第一階段(399－402)由孫恩領(lǐng)導(dǎo)，以海島(約當(dāng)今浙江舟山群島一帶)為大本營(yíng)，曾四次登陸，主要活動(dòng)在今浙江、江蘇的沿海地區(qū)，隊(duì)伍從一百余人發(fā)展到數(shù)十萬，屢次攻破諸郡縣，殺會(huì)稽內(nèi)史王凝之。吳興太守謝邈、永嘉太守謝逸、吳郡太守袁山松、衛(wèi)將軍謝琰等，聲威大振，但也多次為晉將劉牢之所敗。隆安六年(402)，孫恩攻臨海(今屬浙江)受重挫，投海自殺，家屬、士卒從死者百余人。第二階段(402－411)由盧循領(lǐng)導(dǎo)，主要活動(dòng)在今東南各省的內(nèi)地(此時(shí)東晉政府已加強(qiáng)沿海地區(qū)的防務(wù))。盧循在孫恩死后率其余部數(shù)千人浮海南下，攻陷番禺(今廣東廣州)、始興(今廣東韶關(guān)市東南)，俘廣州刺史吳隱之，屯兵休整。義熙六年(410)，分兵兩路北進(jìn)，盧循部越五嶺，攻長(zhǎng)沙，取巴陵(今湖南岳陽)；徐道覆部破廬陵(今江西吉水北)、豫章(今江西南昌)，沿江東下。兩路義軍會(huì)師，大敗北府名將劉毅，包圍晉都建康(今江蘇南京)。晉將劉裕北伐滅南燕，率軍回救。循畏裕，用兵部署猶豫遲疑，數(shù)戰(zhàn)不利，南撤至廣州，轉(zhuǎn)攻交州，戰(zhàn)敗投水自殺，起義歸于失敗。但它基本上摧毀了東晉政權(quán)，沉重打擊了士族地主，尤其是王、謝家族從此一蹶不振。關(guān)于這次起義的史料，馮君實(shí)《晉書孫恩盧循傳箋證》(中華書局)一書搜集甚詳。關(guān)于這次起義的性質(zhì)，各家看法不同，范文瀾《中國通史簡(jiǎn)編》(人民出版社)第二編第五章第一節(jié)認(rèn)為，起兵的黨徒是一群信奉五斗米道的無賴，專事屠殺擄掠，孫恩還多少算是率領(lǐng)農(nóng)民起義，盧循則完全是五斗米道作亂。上舉馮書《前言》認(rèn)為，起兵的社會(huì)基礎(chǔ)是尖銳復(fù)雜的階級(jí)矛盾，斗爭(zhēng)主力是三吳的逃亡奴隸、依附農(nóng)和免奴為客者，雖然五斗米道組織群眾有消極作用，盧循主事斗爭(zhēng)有所變化，但均未改變農(nóng)民起義的性質(zhì)。